Die WRRL verweist an zahlreichen Stellen direkt auf die Naturschutzrichtlinien wie die FFH- oder die Vogelrichtlinie. Der integrative Ansatz der WRRL ist jedoch die intensivste Schnittstelle zwischen Gewässer- und Naturschutzaspekten. Ecologic analysierte die WRRL in bezug auf die Schnittstellen und Notwendigkeiten zu den bestehenden Naturschutzrichtlinien und -aspekten und erarbeitete ein Hintergrundpapier.

Dieses von Ecologic erarbeitete Hintergrundpapier diente den Teilnehmern zur Vorbereitung auf die Konferenz "River Basin Management and Ecological Water Quality", die im Juni 2001 in Roosta (Estland) stattfand. Die Ergebnisse der Kurzstudie wurden auf der Konferenz präsentiert.