Zum Zeitpunkt ihrer Verabschiedung führten die Wasserrahmenrichtlinie und später die Hochwasserrichtlinie viele neue Konzepte in den Bereichen Governance, wirtschaftliche Analysen sowie technische Umsetzung für ein nachhaltiges und integriertes Wasserressourcenmanagement ein. Die EU-Mitgliedstaaten haben seitdem große Anstrengungen bei der Entwicklung von Bewirtschaftungsplänen für die Einzugsgebiete unternommen. Auch die Kenntnisse über Wirkungsmechanismen in aquatischen Systemen haben sich im Laufe der Jahre erheblich verbessert. Dennoch bestehen nach wie vor erhebliche Unterschiede bei der Umsetzung innerhalb der EU und einige Mitgliedstaaten oder Behörden in Flusseinzugsgebieten haben nach wie vor Schwierigkeiten bei der Umsetzung.