Die Wurzeln des Ecologic Instituts liegen in den frühen 1970er Jahren. Im Zuge der Konferenz der Vereinten Nationen über die menschliche Umwelt 1972 in Stockholm begannen viele Staaten, ihre Umweltpolitken und -institutionen zu entwickeln.

1976 gründeten Konrad von Moltke und andere das Institut für Europäische Umweltpolitik (IEUP) oder Institute for European Environmental Policy (IEEP) in Bonn mit dem Ziel, die Umweltpolitik in der Europäischen Union (EU) voranzutreiben. Das IEUP baute ein Netzwerk ähnlicher Institute in verschiedenen EU-Mitgliedsstaaten auf. Heute ist das Ecologic Institut das deutsche Mitglied dieses Netzwerkes und kooperiert eng mit dem IEEP. Ecologic betreibt mit dem IEEP London ein gemeinsames Büro in Brüssel.

1995 wurde das IEUP in Bonn aufgelöst und das Ecologic Institut wurde in Berlin gegründet – gleichzeitig zum Regierungsumzug nach der deutschen Wiedervereinigung. Sechs Gründer aus Deutschland und den USA riefen das Ecologic Institut als unabhängigen, gemeinnützigen Think Tank für internationale Beziehungen und nachhaltige Entwicklung ins Leben:

• Sebastian M. Büttner, seit 1995;
• Alexander Carius, 1995-2001;
• Maria Ivanova, seit 2009;
• Christine M. Jasch, 2002-2014;
• R. Andreas Kraemer, seit 1995;
• Sandra H. Lustig, 1995-2007;
• Anja von Moltke, seit 2008;
• Konrad von Moltke, 2002-2005;
• Sascha Müller-Kraenner, seit 1995;
• Jörn Schnutenhaus, seit 2002;
• Detlef F. Sprinz, 1995-2002.

Sie wollten einen Think Tank für angewandte Politikanalyse, Beratung und Umweltschutz gründen, der an der Schnittstelle zwischen Wissenschaft und Politik agiert. Ihr Ziel war es, durch lösungsorientierte, interdisziplinäre Herangehensweisen und neue Denkansätze Brücken zwischen den Politikfeldern und Regierungsebenen zu schlagen.

Die Gründer des Ecologic Instituts entschieden sich für die Gesellschaftsform der GmbH, weil diese ein Höchstmaß an Flexibilität, Wirtschaftlichkeit und Leistungsfähigkeit bietet. Das Ecologic Institute war von Anfang an als gemeinnützige Gesellschaft anerkannt, die im öffentlichen Interesse handelt.

Das Gründungskapital stieg von 50.000 DM im Jahr 1995 auf 120.000 Euro im Jahr 2009. Die ursprünglichen Einlagen, Rücklagen und Fremdkapital erlauben heute die Durchführung von Projekten mit einem Finanzvolumen von rund vier Millionen Euro pro Jahr (2007) sowie die Beschäftigung eines interdisziplinären Mitarbeiterteams. 

Erste Zuwendungen erhielt das Ecologic Institut in den Jahren 1995 und 1996 vom französischen Umweltministerium und der Europäischen Kommission (Generaldirektion Forschung) und erste Verträge wurden mit dem deutschen Bundesumweltministerium und dem Umweltbundesamt abgeschlossen. Die heutige Bandbreite der Auftraggeber und Sponsoren von Ecologic zeigt die Vielfalt und Relevanz unserer Arbeit.

Das Ecologic Institut engagiert sich auch im Bereich der Ausbildung. Von Anfang an beschäftigt das Ecologic Institut Studenten und unterstützt sie bei ihrem Studium. Seit 2001 ermöglicht das Ecologic Institut Rechtsreferendaren eine Wahlstation mit dem Schwerpunkt internationales und europäisches Recht. Stipendien und Praktika mit finanzieller Unterstützung gibt es beim Ecologic Institut seit 1997, vor allem im Ecologic Transatlantic Program.

1995-1999 war das Ecologic Institut im Haus der Demokratie im politischen Herzen Berlins beheimatet. Das Haus der Demokratie war ein Symbol für den friedlichen Widerstand gegen die DDR-Regierung und ein Schmelztiegel für zivilgesellschaftliche Organisationen aus Ost und West. Das Ecologic Institut zog 1999 innerhalb Berlins in größere Räumlichkeiten um und eröffnete 2001 sein Büro in Brüssel, 2007 sein Büro in Wien und 2008 in Washington, DC.