Fenja Kroos ist als Researcher für das Ecologic Institut in Berlin tätig. Ihre Arbeitsschwerpunkte sind Biodiversität, Renaturierung und naturbasierte Lösungen sowie marine und arktische Themen. Außerdem beteiligt sie sich an den internationalen Klimaverhandlungen, indem sie die deutsche Delegation bei den Verhandlungen im Rahmen der UNFCCC, des Kyoto-Protokolls und des Pariser Abkommens unterstützt. Ihre Tätigkeiten umfassen die natürliche Anpassung an den Klimawandel, die Finanzierung von Biodiversität, die EU-Forststrategie, die Initiative "3 Billion Trees", sowie marine und arktische Governance. Fenja Kroos arbeitet auf Englisch und Deutsch.

Für das Ecologic Institut ist Fenja Kroos an vielfältigen Projekten beteiligt, die sich unter anderem mit Arktis-Governance, -Policy und -Wissensvermittlung beschäftigen. Dazu gehören das Projekt "YESSS – Ganzjährige Ökosystemstudie auf Svalbard: Saisonale Auflösung der Ökosystemfunktionen in einer sich erwärmenden Arktis" und das Projekt "DynARC: Dynamische Schutzsysteme, adaptives Management – arktischer Meeresnaturschutz unter dem Klimawandel". 

Fenja Kroos arbeitete ebenfalls an einem Projekt mit, welches die EU-Mitgliedstaaten bei der Umsetzung des Gesetzes zur Wiederherstellung der Natur unterstützt. Für Deutschland arbeiten sie an einem Projekt im Auftrag des Bundesamts für Naturschutz zur Unterstützung der nationalen Umsetzung der Ziele zur Wiederherstellung der Natur, besonders zur Planung und Umsetzung der nationalen Wiederherstellungspläne.

Im MEER:STARK-Projekt forscht sie an einer sektorenübergreifenden Zusammenarbeit für widerstandsfähige Ökosysteme und nachhaltige Klimaanpassung in der Nord- und Ostsee. Zudem war sie aktiv an der EU-Mission zur Wiederherstellung von Ozeanen, Meeren und Gewässern beteiligt, einer strategischen Initiative zur Erhaltung und Wiederherstellung von marinen und aquatischen Ökosystemen in der gesamten EU. Darüber hinaus unterstützt sie das Marine SABRES-Projekt, bei dem es um die Anwendung von sozial-ökologischem Systemdenken und einem Ökosystemansatz geht, um gezielte Lösungen für den Rückgang der marinen Biodiversität zu entwickeln. 

Sie arbeitete auch zu einem Projekt zur Verankerung von Klima- und Umweltzielen in den EU-Förderprogrammen für die Zeit nach 2027, sowie zu einer Machbarkeitsstudie zur CO₂-Bindung durch flächenbezogene Naturschutzmaßnahmen, insbesondere durch die Integration von Biodiversitäts-fördernden Maßnahmen in die Landnutzung als auch zu naturbasierten Lösungen für Kommunen. Sie arbeitet auch zu Fragen der Polykrise, mit einem Fokus auf Klimawandel, Biodiversitätsverlust und Umweltverschmutzung.